Installer conda sans problème de license#

Nous présentons ici deux solutions pour installer Conda sans problèmes de licence Anaconda :

• Miniforge une version allégée de Conda qui utilise conda-forge comme source de paquets par défaut (canal), qui est libre d'utilisation.
• Micromamba une version minimale de Conda (il s'agit en fait de mamba, une implémentation de Conda en C++) qui évite par défaut tout canal sous licence Anaconda.

Pour une vue d'ensemble des différentes distributions de Conda voir ici.

Miniforge#

Télécharger#

Conda est installé en téléchargeant et en exécutant un programme d'installation, mais la version dont vous avez besoin dépend de votre système d'exploitation.

Choisissez le programme d'installation approprié dans la liste que vous trouverez ici :
https://conda-forge.org/download/ ou ici https://github.com/conda-forge/miniforge.

Copiez ensuite le lien et téléchargez le programme d'installation sur votre ordinateur (voir l'exemple ci-dessous) :

# Télécharger le programme d'installation de Miniforge pour Linux 64 bits
curl -L https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh -O

# Télécharger le programme d'installation de Miniforge pour Linux 64 bits
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh 

Installer#

Vous pouvez maintenant exécuter le programme d'installation :

bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh

Le programme d'installation vous posera des questions pendant l'installation :

Appuyez sur
Appuyez ensuite sur plusieurs fois jusqu'à la question suivante.

• Do you accept the license terms?
  Yes
• Do you accept the installation path or do you want to choose a different one?
  Appuyez sur
• Do you wish to update your shell profile to automatically initialize conda?
  Yes

Redémarrez votre shell pour que les réglages dans ~/.bashrc or ~/.bash_profile prennent effet. Ou lancez:

source ~/.bashrc 

Vous pouvez vérifier que l'installation a fonctionné en lançant le programme :

conda --version

Vous pouvez maintenant vous débarrasser de l'installateur, vous n'en avez plus besoin :

rm Miniforge3-Linux-x86_64.sh

Configurer les canaux#

Même si Miniforge n'inclut que le canal conda-forge, qui est libre d'utilisation, il est toujours bon de vérifier l'installation.

Vérifier les canaux#

Pour vérifier les canaux utilisés par votre installation, vous pouvez taper la commande suivante :

conda config --show channels

Vous devriez voir quelque chose comme :

Ajouter des canaux gratuits supplémentaires#

Vous pouvez ajouter n'importe quel canal gratuit, par exemple bioconda, comme suit :

conda config --add channels bioconda

Partager des environnements en toute sécurité#

Pour savoir pourquoi ajouter cette ligne supplémentaire voir ici

conda config --add channels nodefaults

Reproductibilité#

Il est recommandé de définir une priorité stricte des canaux.
Cela peut accélérer considérablement les opérations de Conda et réduire les problèmes d'incompatibilité des paquets.

conda config --set channel_priority strict

Activation automatique#

Par défaut, conda sera activé pour chaque nouveau terminal que vous ouvrirez (dans l'environnement base). Pour désactiver ce comportement, exécutez :

conda config --set auto_activate_base false

Micromamba#

Micromamba est un exécutable entièrement lié de manière statique et autonome. Cela signifie que l'environnement de base est complètement vide. La configuration de micromamba est légèrement différente, à savoir que tous les environnements et les caches seront créés par défaut sous la variable d'environnement MAMBA_ROOT_PREFIX. Il n'y a pas non plus de .condarc/.mambarc pré-configuré livré avec micromamba (ils sont cependant toujours lus s'ils sont présents).

Télécharger et installer#

Micromamba est installé en téléchargeant et en exécutant un programme d'installation :

# Télécharger le programme d'installation de Micromamba 
"${SHELL}" <(curl -L micro.mamba.pm/install.sh)

Le programme d'installation vous posera des questions pendant l'installation :

Appuyer sur la touche

Appuyer sur la touche

Appuyer sur la touche

Appuyer sur la touche

Pour prendre en compte les modifications, redémarrez votre shell ou exécutez :

# (or ~/.bash_profile, ~/.zshrc, ~/.xonshrc, ~/.config/fish/config.fish, ...)
source ~/.bashrc 

Vous pouvez vérifier que l'installation a fonctionné en lançant le programme :

micromamba --version

Configurer les canaux#

Même si Micromamba n'inclut que le canal conda-forge, qui est libre d'utilisation, il est toujours bon de vérifier l'installation.

Vérifier les canaux#

Pour vérifier les canaux utilisés par votre installation, vous pouvez taper la commande suivante :

conda config --show channels

Vous devriez voir quelque chose comme :

Ajouter des canaux gratuits supplémentaires#

Vous pouvez ajouter n'importe quel canal gratuit, par exemple bioconda, comme suit :

conda config --add channels bioconda

Partager des environnements en toute sécurité#

Pour savoir pourquoi ajouter cette ligne supplémentaire voir ici

conda config --add channels nodefaults

Reproductibilité#

Il est recommandé de définir une priorité stricte des canaux.
Cela peut accélérer considérablement les opérations de Conda et réduire les problèmes d'incompatibilité des paquets.

conda config --set channel_priority strict